1947년 경북 군위에서 출생하여 성결교신학대 기독교학과를 수료했다. 1977년 단편소설 ''하얀 헬리콥터''가 중앙일보 신춘문예에 당선되었으며, 1991년부터 1996년까지 미국 미시간 주립대학교 종교학 초빙 연구원으로 재직했다. 1998년 중편소설 <숨은 그림 찾기>로 동인 문학상을, 2000년 소설집 <두물머리>로 대산 문학상을 수상했다.
소설집으로 <하얀 헬리콥터>,<외길보기 두길보기>, <나비 넥타이>가 있으며 장편소설로 <하늘의 문>, <사랑의 종자>, <나무가 기도하는 집>이 있다. 그 밖에 <어른의 학교>, <무지개와 프리즘>, <이윤기의 그리스 로마 신화>, <꽃아 꽃아 문 열어라> 등의 저서가 있으며, 움베르토 에코의 <장미의 이름>, <푸코의 진자>, <전날의 섬>을 비롯해 니코스 카잔차키스의 <그리스인 조르바>, <미할리스 대장> 등 다수의 책을 번역했다.
그리스 로마 신화 등 신화 연구에 매진해왔으며 번역가로도 이름을 날렸다. 2000년 ''대학민국 번역가상''을 받았으며 번역문학 연감 미메시스가 선정한 ''한국 최고의 번역가''로 뽑히기도 했다. 소설가, 번역문학가, 신화학자 등으로 다양하게 활동하다 2010년 8월 27일, 심장마비로 별세했다. 향년 63세.