1923년 일본 도쿄에서 태어났다. 3세 때 아버지를 따라 만주 다롄으로 떠났다가 7년 후 부모가 이혼하면서 일본으로 돌아온 후 형과 함께 가톨릭교회에서 세례를 받았다. 게이오 대학 문학부에 입학했다가 1950년에는 일본 전후 최초의 유학생으로 프랑스 리옹 가톨릭대학으로 유학을 떠났다. 이 무렵부터 소설가가 되기로 결심했다. 건강이 좋지 않아 1953년에 귀국했으며 이듬해에 첫 평론집과 첫 소설을 발표했다. 1955년에는 「하얀 사람」으로 아쿠타가와 상을 받았고 첫 단편집 『하얀 사람 ? 노란 사람』을 출간했다. 『바다와 독약』(1958)으로 신초 문학상, 마이니치 출판문화상을 받았다. 1960년에 폐결핵이 재발하여 세 번의 대수술을 받았다. 장편 『침묵』(1966)으로 다니자키 준이치로 상을 받으면서 명실 공히 일본의 대표 작가로 입지를 굳혔다. 1971년에 로마 교황청에서 기사 훈장을 받았다. 『예수의 생애』(1978)로 국제 다그 함마르셸드 상을, 『그리스도의 탄생』(1979)으로 요미우리 문학상을 수상했다. 1981년부터 고혈압과 당뇨병 등으로 건강이 악화되어 이후부터 투병 생활이 이어졌음에도 『여자의 일생』(1982), 『스캔들』(1986) 등을 꾸준히 출간했다. 1992년에 『깊은 강』 초고를 완성했으나 이듬해에 신장병으로 복막 투석 수술을 받으면서 입원과 퇴원을 반복한 후, 1993년에 마지막 장편소설이 된 『깊은 강』을 발표했다. 이 작품으로 마이니치 예술상을 수상하고 영국 등 해외에서도 높은 평가를 받았다. 1996년 폐렴에 의한 호흡부전으로 사망했으며 생전의 뜻에 따라 『침묵』과 『깊은 강』 두 권이 관 속에 넣어졌다.